Photoshop, para ativar a opção, vá na aba Janela e marque a opção Linha do Tempo, no canto inferior esquerdo, vai aparecer 3 quadradinhos, se clicar, você converte para animação quadro a quadro, ai é só definir os layers para cada quadro. Para exportar, use o Exportar>Salvar para Web(Legado), escolha a opção Gif, o seu problema pode ser na hora da exportação.
O Asesprite, também pode ser uma boa.
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