isso depende da ordem que você numerou as pictures, a picture 2 sobrepõe a picture 1, a 3 sobrepõe a picture 2 etc...
se você quiser que os pássaros passem por cima do barco (pelo que entendi) você tem que chamar a imagem dos pássaros depois da imagem
do barco, exemplo: Barco = Imagem nº 2, Pássaros = Imagem nº 3 (isso se os pássaros tambem forem por imagem), se a imagem dos pássaros forem em eventos aí já é mais complicado pois no RPG Maker qualquer imagem ficará sobreposta à qualquer evento, uma forma que eu pensei aqui seria você usar a imagem do barco como Parallax no caso de ele ser um objeto estático, e colocar os passaros como eventos ou imagem.