Tive um problema parecido, eu tinha a versão pirata instalada num local, quando comprei a versão original eu não conseguia mais abrir o Game.rvproj2 do meu projeto.
A solução foi entrar do Editor de Registros do sistema, buscar pelos locais do rmvxace, e alterar os que estavam no local antigo para o local novo.
Provavelmente o erro ao reconhecer o RTP deve ser porque no registro do sistema ele deve estar no local antigo, e na tua limpeza o registro não foi alterado.
Não afirmo com certeza que foi isso que ocorreu, mas como é um erro bem similar com o que eu passei pode ter algo a ver.
Espero que tenha sido útil.