Isso aí, a resposta dos caras está correta.
Basicamente é isso: Vamos supor que você, sei lá, usa o Word pirata. O documento que você escreveu nele é seu e você pode vender se bem quiser, não tem nada a ver com o seu meio de uso. Você fez, é seu e acabou. Você faz o que bem entender com ele. O mesmo vale pro RPG Maker.
Agora jogos de RPG Maker geralmente fazem uso de vários recursos padrão (o RTP incluso). Basicamente a compra do programa garante a você, além da licença para uso legal do programa (incluindo atualizações, suporte, etc.) também garantem direitos para que você possa fazer e distribuir (ou vender) jogos feitos no RPG Maker que utilizem esses recursos, afinal você pagou para licenciá-los para utilizar no seus jogos.
Uma vantagem aqui é que geralmente a aquisição de diferentes versões do RPG Maker, eles permitem que você utilize recursos de uma na outra. Por exemplo, eu posso usar os recursos do XP no meu Ace, já que adquiri os dois. Porém isso está limitado somente ao RPG Maker, note bem.
Muitos DLCs e recursos (da Lunarea, por exemplo) custam um preço para uso no RPG Maker, mas podem também ser licenciados para uso em outros motores - custando mais caro.
Espero que isso esclareça as dúvidas.