Olha... em minha humilde opinião, tanto faz!! Se você sabe o que ta fazendo, não vai mudar nada você exportar toda a cena completa no Blender no formato .blend e mandar pra Unity, se o resultado vai ser o mesmo. Se o trabalho fosse para uma outra pessoa, porém, aí sim eu recomendaria você exportar em .fbx e objeto por objeto, pois aí a outra pessoa pode aproveitar melhor e usar da forma que bem entender.
A minha dúvida é apenas uma: por que você pretende montar a cena na Unity? Suponho que seja pra ver como a cena é renderizada na engine. É isso? Se sim, desde que existe o renderizador Eevee, do Blender, a necessidade de montar a cena numa engine não é tão necessária, já que o Eevee veio justamente pra nos oferecer essa perspectiva. Só basta você ativar o renderizador Eevee e pronto, você vai ver como a sua cena seria renderizada no ambiente de um jogo. Mas, se ainda assim, por puro gosto e vontade, você quiser exportar para a Unity, ta tudo okay também! Hahahaha
Um abraço e não esquece de passar aqui pra mostrar!!!