Como você já completou o jogo, eu não recomendo que você faça alterações significativas. Aliás, nem precisa fazer alteração nenhuma, hehehe! Pegue o que quiser das sugestões e leve adiante para o seu próximo projeto, mas tenha em mente que eu não estou te dizendo o que fazer, estou dando apenas sugestões pessoais, OK? Cada um tem um gosto, cada um pensa de uma forma, né? Vamos lá!
A minha primeira - e principal - sugestão é que você tenha um foco na direção que o jogo toma. Separe os tutoriais, separe as configurações, separe os minijogos... Dê um canto para cada coisa, mas não criando uma cidade como tutorial e NPCs como configurações ou minijogos. Deixe que os NPCs tenham suas personalidades, suas alegrias, seus problemas, sua ligação com a cidade, com o mundo e com tudo o que está acontecendo...
Sobre os minijogos, seria melhor colocá-los em algum contexto que não desvie tanto do tema principal do jogo. Se não tiver como contextualizar, coloque-os como algo opcional fora do jogo normal (desbloqueáveis no menu, por exemplo?). E dose a quantidade de minijogos ou o jogador acabará se importando pouco (ou nem se importando) com todo o resto do jogo, a ponto da história nem importar mais. Também peça feedback de vários jogadores para ver se o minijogo não está difícil demais.
Sobre as batalhas, que são a parte que eu considerei mais defeituosa no jogo, torne-as menos "excessivas". Eu percebi que as batalhas costumam ou ter muitos inimigos de nível médio (e ainda assim bem fortes) ou um único inimigo de nível absurdamente alto. Talvez seja até possível derrotá-los, mas a velocidade da batalha, somada ao excesso de informações na tela (são muitas barras, muitos golpes, muitas teclas, muitos efeitos, muitas mensagens, muito sofrimento) podem deixar o jogador um bocado confuso e possivelmente desesperado... e isso no comecinho do jogo!
Posso te dar alguns exemplos de jogos de RPG que eu considero quase perfeitos (senão perfeitos)? Feitos no RPG Maker, claro!
Elementia - A Guerra dos Clãs é um exemplo de foco, com uma história incrível que é apresentada aos poucos de forma louvável, e tutoriais que surgem conforme o jogador avança, além de ter personagens bem carismáticos sem excessos, tudo muito bem-dosado.
Vorum - Legados de Justiça também tem NPCs bem convincentes e é um exemplo de como um jogo que segue um esquema pré-determinado de cores demonstra muito mais personalidade do que um jogo muito colorido ou muito customizável. E por fim,
Caminho Estreito é um belo exemplo de jogo com batalhas desafiadoras mas bem-equilibradas e minijogos divertidos e contextualizados sem excesso e sem dificuldade.