Sim, pelo menos no caso dos recursos. No Game Maker, na verdade, não há uma regra para recursos. Diferente do RPG Maker onde um charset, por exemplo, já tem os devidos recortes de acordo com a direção e o quadro da animação, no Game Maker você terá que programar o cálculo desses recortes. O mesmo se aplica, também, aos tilesets, que tem os auto tiles. Também é utilizada uma continha para pegar e juntar os outros tile, como é o caso da água. O único inconveniente é que o editor do mapa não terá o mesmo comportamento do RPG Maker, onde, no próprio editor, as junções das arestas, bordas da água, tetos (e por aí vai), são aplicadas na hora. Mas é possível programar essas junções para que apareçam em tempo de execução.
Basicamente, a diferença é que no RPG Maker, muita coisa já vem pronta, onde o desenvolvedor só terá o trabalho em fazer o jogo por si só. Já no Game Maker, você tem um projeto limpo e as regras de negócio do projeto como cálculos de dano, interface gráfica, gerenciamento de cenas, e outras coisas que já está feito no RM, quem as fará será você.
